采购中心对协议供货合同实行电子系统管理的方式，即由合同管理系统自动生成、打印电子合同文本及货物验收单（经签署、盖章后生效），协议供货商自行编制、复印和手工填写的供货合同和四联单无效。协议供货商申请签署的每一个合同在系统中都会生成“唯一且对应的”电子合同及货物验收单，审计、财务人员可以直接登陆“中央政府采购网”合同管理系统核查合同的真实性。为利于审计检查，保证电子合同的真实性和唯一性，各单位在执行采购时应要求协议供货商提供《中央国家机关政府采购货物验收单》 。而协议供货合同上的水印，只是与采购中心其他类型的合同相区别的一种底纹，并不是辨别合同真伪的正确办法。